Podstawową misją chilijskiej marynarki wojennej jest udział w bezpieczeństwie zagranicznym i obronie militarnej kraju, w ochronie jego suwerenności i integralności terytorialnej. W czasie pokoju przyczynia się do promowania interesów narodowych za granicą i promowania rozwoju narodowego.
Marynarka Wojenna jest instytucją szkoleniową dla profesjonalistów, innowacyjną w zakresie najnowocześniejszych technologii i taktyk, elastyczną na zmiany i wyzwania, solidną pod względem zasad i wartości, która rozwija się i przygotowuje do wykorzystania swoich zasobów w interesie wszystkich Chilijczyków .