Magister bioinformatyki dla obliczeniowej genomiki

Master Degree („Laurea Magistrale”) w „Bioinformatics for Computational Genomic s” to wspólna inicjatywa Uniwersytetu Milano i Politecnico di Milano , która zostanie uruchomiona od roku akademickiego 2019-2020.

Ogólnie rzecz biorąc, ma na celu stworzenie „naukowców danych genomowych” , czyli absolwentów, którzy będą mieli odpowiednią wiedzę na temat molekularnych podstaw systemów biologicznych; struktura i funkcja molekuł biologicznych oraz ich udział w procesach komórkowych; technologie i platformy do analizy genomów; narzędzia do bioinformatyki i analizy genomicznej; oraz metodologie statystyczne i obliczeniowe do analizy danych biomolekularnych.

Wstęp jest otwarty dla wszystkich studentów z dyplomem licencjata ( „Laurea Triennale”) albo w biologii lub biotechnologii lub podobnych lub informatyki, inżynierii, matematyki lub fizyki.

Uczęszczając na kursy prowadzone w stopniu BCG dowiesz się o:

1. Organizacja informacji w genomie a procesy molekularne i komórkowe u podstaw ekspresji genów i ich regulacji.
2. Metody eksperymentalne wykorzystane do badania genów i ich funkcji u różnych gatunków modelowych, zarówno prokariotycznych, jak i eukariotycznych.
3. Technologie wykorzystywane we współczesnych badaniach genomicznych i epigenomicznych, takie jak testy oparte na sekwencjonowaniu nowej generacji (sekwencjonowanie genomu i egzomu, sekwencjonowanie RNA, ChIP-Seq itd.).
4. Metody i protokoły analizy bioinformatycznej w badaniach genomiki funkcjonalnej (sekwencjonowanie genomu i egzomu, sekwencjonowanie RNA, ChIP-Seq i tak dalej).
5. Metody algorytmiczne, matematyczne i statystyczne leżące u podstaw narzędzi bioinformatycznych i analizy genomicznej.
6. Technologie baz danych do przechowywania i organizacji danych.
7. Techniki modelowania i analizy stosowane w biologii systemów do badania interakcji w złożonych systemach biologicznych.

Program obejmuje, jako zasadniczy krok w formacji studentów, staż w laboratoriach badawczych na Uniwersytecie w Mediolanie, Politechnice lub w innych włoskich lub zagranicznych instytutach badawczych. Doświadczenie badawcze stażu i jego wyniki zostaną opisane w końcowej pisemnej rozprawie, która zostanie przedyskutowana przed komisją dyplomową.

Misja i cele

Wspólny tytuł magistra z „Bioinformatyki w genomice obliczeniowej” (BCG) Politecnico di Milano i Università Degli Studi di Milano ma na celu przekazanie absolwentom odpowiedniej wiedzy na temat molekularnych podstaw systemów biologicznych; budowa i funkcja cząsteczek biologicznych oraz ich udział w procesach komórkowych; technologie i platformy do analizy genomów; narzędzia do bioinformatyki i analizy genomicznej; oraz metodologie statystyczne i obliczeniowe do analizy danych biomolekularnych.

Dlatego stopień BCG obejmuje działania zapewniające dogłębną wiedzę na temat:

• Organizacja informacji w genomie a procesy molekularne i komórkowe u podstaw ekspresji genów i ich regulacji.
• Metody eksperymentalne wykorzystane do badania genów i ich funkcji u różnych gatunków modelowych, zarówno prokariotycznych, jak i eukariotycznych.
• Technologie stosowane we współczesnych badaniach genomicznych.
• Metody i protokoły analizy bioinformatycznej w badaniach genomiki funkcjonalnej.
• Metody algorytmiczne, matematyczne i statystyczne leżące u podstaw bioinformatyki i narzędzi analizy genomicznej.
• Technologie baz danych do przechowywania i organizacji danych.
• Techniki modelowania i analizy stosowane w biologii systemów do badania interakcji w złożonych systemach biologicznych.

Przedmioty

Università Degli Studi di Milano będzie oferować kursy dotyczące zagadnień biologicznych, a Politecnico di Milano kursy obliczeniowe.

Pierwszy rok

1. semestr

• Obowiązkowe kursy: chemia organiczna; Bioinformatyka i biologia obliczeniowa
• Przedmioty do wyboru: genetyka, biologia komórkowa i molekularna; Biochemia; Programowanie i bazy danych; Statystyka

Drugi semestr

• Obowiązkowe kursy: Genomika i Transcriptomics; Programowanie naukowe; Nauczanie maszynowe; Biostatystyka

Drugi rok

1. semestr

• Obowiązkowe kursy: zaawansowana genomika i epigenomika; Chemia strukturalna; Biologia systemów i analiza sieci
• Zajęcia do wyboru: projekt interdyscyplinarny; Genomic Big Data Management i Computing

Możliwości zawodowe

Stopień magistra BCG ma na celu wyszkolenie „naukowców zajmujących się danymi”, wysoko wykwalifikowanych specjalistów, którzy są w stanie połączyć dogłębną wiedzę na temat molekularnych podstaw nauk przyrodniczych z aktualną wiedzą na temat obecnych technik i technologii bioinformatyki i analizy genomicznej. Szczególny nacisk zostanie położony na ilościowe i obliczeniowe aspekty tych ostatnich, które będą skupione na analizie, modelowaniu i zrozumieniu systemów biologicznych. Ostatecznym celem jest szkolenie w interdyscyplinarnym kontekście profesjonalistów gotowych do radzenia sobie z wyzwaniami wynikającymi z nowoczesnych nauk biomolekularnych w erze postgenomicznej i zdolnych do sprzęgania i integrowania wiedzy z zakresu biologii, genetyki, informatyki, inżynierii informacyjnej i statystyki z różnych dziedzin badań podstawowych lub stosowanych.

Absolwenci BCG będą mogli:

• Weź udział w projektowaniu i wykonywaniu analiz genomicznych na dużą skalę.
• Zidentyfikuj i wyodrębnij znaczenie biologiczne z uzyskanych wyników.
• Projektowanie narzędzi i protokołów do autonomicznej analizy bioinformatycznej różnych typów danych eksperymentalnych.
• Odgrywają kluczową rolę w grupach badawczych zajmujących się podstawowymi lub stosowanymi badaniami genomicznymi.
• Koordynuje i nadzoruje projekty badawcze oraz grupy zajmujące się bioinformatyką i genomiką.

Wstęp

Warunkiem przystąpienia do programu studiów magisterskich BCG jest posiadanie tytułu licencjata („Laurea Triennale”) zapewniającego odpowiednią wiedzę z zakresu (1) genetyki, biologii molekularnej i biochemii lub (2) informatyki, inżynierii informacji i matematyki. Wymagana jest również znajomość języka angielskiego, jak określono poniżej. Studenci, którzy nadal nie ukończyli studiów licencjackich, mogą złożyć wniosek, jeśli planują ukończyć studia przed 31 października 2019 r. (Patrz poniżej).

W roku akademickim 2019-2020 do programu zostanie dopuszczonych maksymalnie 50 studentów , wybranych na podstawie ich wiedzy i wywiadu osobistego.

Warunki przyjęć

Warunki przyjęcia studentów włoskich

Włoscy studenci mogą ubiegać się o studia magisterskie BCG, pod warunkiem, że spełniają jeden z następujących dwóch wymogów:

• Ukończyli studia licencjackie (Laurea Triennale) w jednej z następujących klas:
  • Biotechnologia (klasa L2)
  • Biologia (klasa L13)
  • Nauki o rolnictwie i żywności (klasa L26)
  • Nauki farmakologiczne (klasa L29)

i podczas studiów zdobyli co najmniej 30 CFU na obszarach biologicznych (SSD BIO) z co najmniej 18 CFU w dziedzinie genetyki (BIO / 18), biologii molekularnej (BIO / 11) i biochemii (BIO / 10)

LUB

• Ukończyli studia licencjackie (Laurea Triennale) w jednej z następujących klas:
  • Inżynieria informacyjna (klasa L8)
  • Informatyka (klasa L31)
  • Fizyka (klasa L30)
  • Matematyka (klasa L35)

a podczas studiów zdobyli co najmniej 30 CFU w dziedzinie informatyki, inżynierii informacji, inżynierii biomedycznej, matematyki i / lub statystyki (SSD INF / 01, ING-INF / 05, ING-INF / 06, MAT / 01 -09 i / lub SECS-S / 01), z co najmniej 6 CFU w matematyce (MAT / 01-09) i co najmniej 12 CFU w jednym lub więcej z następujących obszarów: informatyka (INF / 01), informacje inżynieria (ING-INF / 05), inżynieria biomedyczna (ING-INF / 06), statystyka (SECS-S / 01).

Te same kryteria stosuje się do kandydatów posiadających stopnie uniwersyteckie uznane za odpowiednie przez Radę Nauczycieli, w których możliwe jest wyraźne określenie dyscyplin i liczby punktów zdobytych dla każdej dyscypliny. Jeśli nie jest to możliwe, dokumenty poświadczające karierę kandydatów zostaną szczegółowo zbadane przez Radę Nauczycieli w celu oceny, czy ich pochodzenie spełnia poprzednie wymagania.

Studenci studiów licencjackich mogą składać wnioski, ale będą musieli uzyskać tytuł licencjata (Laurea Triennale) przed 31 października 2019 r.

Warunki przyjęcia dla studentów zagranicznych

• Studenci posiadający tytuł licencjata w dziedzinie opisanej w poprzednim punkcie (Wymagania dla studentów włoskich), gdzie kursy w wymaganych dyscyplinach można wyraźnie zidentyfikować wraz z liczbą godzin / punktów kursów. Jeśli nie będzie to możliwe, dokumenty potwierdzające karierę uczniów zostaną zbadane przez Radę Pedagogiczną w celu oceny, czy ich wykształcenie jest zgodne z poprzednimi wymaganiami.

Wymagania językowe

• Studenci muszą biegle posługiwać się językiem angielskim na poziomie B2. Studenci już zarejestrowani na Uniwersytecie w Mediolanie, którzy nie posiadają certyfikatu B2 lub jego odpowiednika, są zaproszeni do przystąpienia do testu poziomującego, aby udowodnić swój poziom kompetencji i udokumentować to podczas rozmowy kwalifikacyjnej. W wyjątkowych przypadkach studenci bez testu poziomującego na poziomie B2 mogą zostać przyjęci pod warunkiem ewidentnie dobrego poziomu znajomości języka angielskiego, ocenionego podczas rozmowy kwalifikacyjnej.
• Znajomość języka włoskiego nie jest wymagana do obecności. Jednakże, zgodnie z wymaganiami przepisów, zagraniczni studenci będą musieli wykazać się uzyskaniem podstawowej znajomości języka włoskiego przed końcową rozprawą.

Wybór i ranking

Studenci spełniający powyższe warunki zostaną przyjęci na rozmowę z członkami Rady dydaktycznej w celu oceny ich wiedzy naukowej.

Odpowiednie przygotowanie osobiste kandydatów (w zakresie ich tła), ich umiejętność porozumiewania się w języku angielskim oraz ich motywacja są decydującymi elementami przyjęcia. Rozmowa kwalifikacyjna oceni wiedzę kandydata w tematach związanych z jego tytułem licencjata.

Komisja oceni każdego wnioskodawcę w skali 100-punktowej:

• Za życiorys wnioskodawcy zostanie przyznanych do 50/100 punktów (rodzaj studiów licencjackich, stopnie egzaminacyjne, dalsze kursy, dodatkowe stopnie itp.)
• Za wywiad zostanie przyznanych do 50/100 punktów.

Minimalny wynik wymagany do przyjęcia wynosi 60/100.

W roku akademickim 2019-2020 rozmowy kwalifikacyjne ze studentami włoskimi i studentami zagranicznymi mieszkającymi we Włoszech odbędą się na Wydziale Nauk Biologicznych przy Via Celoria 26 16 lipca 2019 r. O godz. 9.30.

Zagraniczni kandydaci, którzy nie mieszkają we Włoszech i uzyskali tytuł licencjata za granicą, mogą zdecydować się na rozmowę kwalifikacyjną online. Na początku rozmowy studenci muszą okazać ważny dowód osobisty lub paszport w celu identyfikacji.

Rejestracja po przyjęciu

Po opublikowaniu wyników studenci, którzy zajmują pierwsze 50 miejsc w rankingu merytorycznym, muszą zakończyć zapisy w terminie określonym w ogłoszeniu o konkursie. Następnie, jeśli po początkowym terminie pierwsze 50 wolnych miejsc nie zostanie wyczerpanych, zapisy będą możliwe dla studentów z niższą klasyfikacją merytoryczną, pod warunkiem, że uzyskali co najmniej 60/100 w teście wstępnym. Zapisanie się na studia licencjackie zostanie zatwierdzone tylko wtedy, gdy uzyskają tytuł licencjata (Laurea Triennale dla studentów włoskich) do 31 października 2019 r. Studenci innych uniwersytetów, po ukończeniu studiów do 31 października 2019 r., Muszą przedstawić zaświadczenie o uzyskanym dyplomie w Segreteria Studenti.

Tematy

Università Degli Studi di Milano będzie oferować kursy skoncentrowane na zagadnieniach biologicznych, podczas gdy Politecnico di Milano będzie oferować kursy obliczeniowe.

I rok

1 semestr

• Przedmioty obowiązkowe: Chemia organiczna; Bioinformatyka i biologia obliczeniowa
• Przedmioty do wyboru: genetyka, biologia komórkowa i molekularna; Biochemia; Programowanie i bazy danych; Statystyka

2 semestr

• Kursy obowiązkowe: Genomika i Transkryptomika; Programowanie naukowe; Nauczanie maszynowe; Biostatystyka

Drugi rok

1 semestr

• Kursy obowiązkowe: Zaawansowana genomika i epigenomika; chemia strukturalna; Biologia systemów i analiza sieci
• Przedmioty do wyboru: Projekt interdyscyplinarny; Zarządzanie i przetwarzanie danych w genomie

Rankingi QS 2023 (czerwiec 2022)

• 1. miejsce we Włoszech
• 139. miejsce na świecie

Uczestnicząc w kursach prowadzonych na poziomie BCG dowiesz się o:

1. Organizacja informacji w genomie oraz procesy molekularne i komórkowe u podstaw ekspresji genów i ich regulacji.
2. Metody eksperymentalne wykorzystywane do badania genów i ich funkcji w różnych modelowych gatunkach, zarówno prokariotycznych, jak i eukariotycznych.
3. Technologie wykorzystywane w nowoczesnych badaniach genomicznych i epigenomicznych, takie jak testy oparte na sekwencjonowaniu nowej generacji (sekwencjonowanie genomu i egzomu, sekwencjonowanie RNA, ChIP-Seq itd.).
4. Metody i protokoły analizy bioinformatycznej w badaniach genomiki funkcjonalnej (sekwencjonowanie genomu i egzomu, sekwencjonowanie RNA, ChIP-Seq itp.).
5. Algorytmiczne, matematyczne i statystyczne podejścia leżące u podstaw bioinformatyki i narzędzi analizy genomicznej.
6. Technologie bazodanowe do przechowywania i organizacji danych.
7. Techniki modelowania i analizy stosowane w biologii systemów do badania interakcji w złożonych układach biologicznych.

Program obejmuje, jako podstawowy krok w formacji studentów, staż w laboratoriach badawczych na Uniwersytecie Mediolańskim, Politechnice lub w innych włoskich lub zagranicznych instytutach badawczych. Doświadczenie badawcze stażu i jego wyniki zostaną opisane w pisemnej pracy dyplomowej, która zostanie omówiona przed komisją dyplomową.

Stopień magistra BCG ma na celu wyszkolenie „naukowców danych”, wysoko wykwalifikowanych specjalistów zdolnych do połączenia dogłębnej wiedzy na temat molekularnych podstaw nauk przyrodniczych z aktualną wiedzą na temat aktualnych technik i technologii bioinformatyki i analizy genomicznej. Szczególny nacisk zostanie położony na ilościowe i obliczeniowe aspekty tych późniejszych, które skupią się na analizie, modelowaniu i zrozumieniu systemów biologicznych. Ostatecznym celem jest szkolenie w multidyscyplinarnym kontekście specjalistów gotowych do radzenia sobie z wyzwaniami wynikającymi z nowoczesnych nauk biomolekularnych w erze postgenomicznej i zdolnych do sprzężenia i integracji wiedzy z zakresu biologii, genetyki, informatyki, inżynierii informacji i statystyki z różnych dziedzin badań podstawowych lub stosowanych.

Absolwenci BCG będą więc mogli:

• Weź udział w projektowaniu i wykonywaniu wielkoskalowych analiz genomicznych.
• Zidentyfikuj i wydobądź biologiczne znaczenie z uzyskanych wyników.
• Autonomiczne projektowanie narzędzi i protokołów do analizy bioinformatycznej różnych typów danych eksperymentalnych.
• Odgrywają kluczową rolę w grupach badawczych skoncentrowanych na podstawowych lub stosowanych badaniach genomicznych.
• Koordynuje i nadzoruje projekty i grupy badawcze zajmujące się bioinformatyką i genomiką.